Hakim juga meminta KPK untuk menghentikan penyidikan terhadap Setya. Hakim Cepi beralasan, penetapan tersangka Setya Novanto tidak sah karena dilakukan di awal penyidikan, bukan di akhir penyidikan.
Hakim juga mempermasalahkan alat bukti yang digunakan KPK untuk menjerat Setya Novanto. Sebab, alat bukti itu sudah digunakan dalam penyidikan terhadap Irman dan Sugiharto, dua pejabat Kementerian Dalam Negeri yang sudah divonis di pengadilan.
- 5 Oktober 2017
KPK melakukan penyelidikan baru untuk pengembangan perkara e-KTP, dalam proses penyelidikan KPK meminta keterangan sejumlah pihak dan mengumpulkan bukti relevan. Dalam proses penyelidikan, Setya Novanto dua kali tidak hadir untuk dimintai keterangan, yakni pada 13 dan 18 Oktober 2017 dengan alasan sedang ada tugas kedinasan.
- 31 Oktober 2017
KPK menerbitkan sprindik atas nama tersangka Setya Novanto. Di perkara ini, Setya Novanto disangka melanggar Pasal 2 ayat 1 subsider Pasal 3 Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana telah diubah dengan Undang- Undang Nomor 20 Tahun 2001 juncto Pasal 55 ayat 1 ke-1 Kitab Undang-Undang Hukum Pidana.
- 3 November 2017
KPK mengantarkan surat perintah dimulainya penyidikan ke rumah Setya Novanto di Jalan Wijaya 13, Melawai, Kebayoran Baru.
- 10 November 2017
KPK kembali menetapkan Setya Novanto menjadi tersangka e-KTP.
Pengumuman penetapan tersebut disampaikan Wakil Ketua KPK Saut Situmorang di Gedung KPK di kawasan Kuningan Jakarta. Sebagai pemenuhan hal tersangka, KPK mengantarkan Surat Pemberitahuan Dimulainya Penyidikan (SPDP) kepada yang bersangkutan ke kediaman Setya.
- 15 November 2017
KPK menjemput paksa Setya Novanto karena sudah tiga kali mangkir saat dipanggil KPK untuk dimintai keterangan. Enam pegawai KPK menyambangi Setya Novanto di kediamannya, Jalan Wijaya XIII Nomor 19, Melawai, Jakarta Selatan pada Rabu malam, 15 November 2017.
Para penyidik menggeledah rumah Setya hingga dinihari. Namun Setya tidak ada di rumah dan tidak diketahui keberadaannya hingga ditetapkan sebagai daftar pencarian orang (DPO).
- 16 November 2017
Setya Novanto dilarikan ke Rumah Sakit Medika Permata Hijau setelah mobil yang dia tumpangi mengalami kecelakaan tunggal di daerah Permata Hijau, Jakarta Barat.